基因表达分析疾病和信号通路的利器(一)

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作者:QIAGEN官网 发布日期:2014-08-21 10:00

以前只要提到基因表达分析,人们就会想到荧光定量PCR;只要提到高通量基因表达分析,人们会首先想到基因芯片。虽然荧光定量PCR仪几乎每个实验室都有,但是做芯片就不一定每个实验室都具备这个条件了。那么只有一台荧光定量PCR仪是否也能进行高通量的基因表达谱分析呢?

QIAGEN 推出的RT2 Profiler PCR Array是一种高度可靠且灵敏的基因表达谱分析技术,它利用实时定量PCR分析信号转导、生物过程或特异性疾病,来研究通路中聚焦的一组基因。每个PCR Array都包含一条通路聚焦的基因以及5个看家基因。此外,每个阵列还包含一组专利对照,用以监控基因组DNA 污染(GDC)、第一链合成(RTC)和实时定量PCR效率(PPC)。

RT2 Profiler PCR Array上的基因是经过大量相关文献阅读选定,专有的引物设计符合超过10个热力学和序列比对要求。每个RT2 Profiler PCR Array含有89个在实验平台验证过的RT2 qPCR Primer Assays(包括5个看家基因)和一套对照。为实验研究者节省了大量预实验、引物验证、文献选择基因等繁琐的过程,可以直接明了的了解不同课题研究中某信号通路或疾病中关键基因的表达谱。
RT2 Profiler PCR Array原理
RT2 Profiler PCR Arrays是分析一组特定基因表达的可靠工具,引物经过优化。每个96孔板、384孔板或100孔盘PCR芯片都包含SYBR® Green优化的引物分析,可对相关的通路或疾病相关的基因进行细致的研究,并含有相应的RNA质量控制。RT2 Profiler PCR Arrays也可针对您特定的研究兴趣对一些基因作定制化分析。高品质引物设计和RT2 SYBR® Green qPCR Mastermix规格使PCR芯片可在统一的循环条件下同时扩增96或384个不同的基因特异性产物。

RT2 Profiler PCR Arrays进行的基因表达分析具有real-time PCR的灵敏度和微阵列的多基因检测能力。这种整合使RT2 Profiler PCR Array具有高特异性和扩增效率,可获得准确的SYBR® Green real-time PCR结果。PCR芯片在任何研究实验室都易于使用。

RT2 Profiler PCR Arrays具有足够高的敏感度,可使用从常规样本(0.1–5 µg RNA)、FFPE样本和小样本(1–100 ng RNA)制备的RNA。
RT2 Profiler PCR Array性能优势
灵敏度RT2 First Strand Kit灵敏度高,每个芯片使用至少1 ng或至多5 µg总RNA可获得高于80%的阳性信号率

可检测低达25 ng的RNA:使用Human Inflammatory Cytokines和ReceptorsRT2Profiler PCR Array来区分不同量的通用总RNA,然后计算各个量可检测基因的百分比。即使细胞因子的表达水平很低,25 ng总RNA阳性率>80%。

重复性

可在各种real-time PCR分析仪上使用。整个PCR芯片体系与技术上的重复性、批次和仪器有很高的相关性,平均相关系数>0.99,确保对生物样本间的表达差异进行可靠的检测

不同使用者均能获得可重复的结果:对比两位科学家(A 和B)在不同的时间使用Human Drug Metabolism RT2 Profiler PCR Arrays重复进行四次实验,获得的原始循环阈限数据(1–4)。结果表明数据间相关性很高(R2 >0.990)。

特异性

PCR芯片体系使用高品质RNA,可在预期位置形成单条带,无引物二聚体或其他二级产物,由此可获得高度准确的real-time PCR结果

每次反应都能检测到基因特异性产物:使用TGFβ/BMP Signaling Pathway RT2 Profiler PCR Array区分通用总RNA,然后进行熔解曲线分析。PCR芯片特异性检测个体基因,无论相同RNA样本中相关基因家族成员的表达状态如何。

统一的PCR扩增效率
对多种样本的多个基因进行准确的基因表达比较,需要PCR芯片技术具有统一的PCR扩增效率。将专有的引物设计法则与严格的引物分析检测相结合,确保PCR芯片的每次引物分析都具有高性能

PCR芯片能够获得高度准确的结果:使用RT2 Profiler PCR Arrays对4000基因进行分析,平均扩增效率为99%。持续的高扩增效率确保PCR芯片能够使用ΔΔCT法准确的同时分析多种基因。数据分析便利——免费的RT2 Profiler PCR Array的线上数据分析软件可分析原始的CT值,可在几分钟内得到多种形式的结果(散点图、火山图、群集图)。

未完待续……