流式细胞术在过去30年里得到迅速发展，在免疫学、分子生物学、细菌学、病毒学、癌症生物学和传染病学等领域得到广泛应用。比如，流式细胞术对研究免疫系统状态及其对传染病和癌症的反应非常重要，它可以表征来自血液和骨髓的混合细胞群，以及由淋巴结、脾、粘膜组织、实体肿瘤等固体组织分解成的单个细胞。除了分析细胞外，流式细胞术另一个主要应用是对细胞进行分选，以满足使用者进一步的分析需求。