从单细胞起始的总RNA或mRNA全转录本扩增

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作者:QIAGEN官网 发布日期:2014-10-03 13:00

REPLI-g WTA Single Cell Kit能够在单细胞转录本水平上对转录调控的影响进行可靠的研究,并允许从单细胞(1–1000个细胞)进行所有转录物的均一扩增。专用的缓冲液和试剂经过了独特的、可控的净化步骤以防止REPLI-g技术扩增污染的核酸。创新的裂解液可以有效地稳定细胞RNA,以确保所得到的RNA准确地反映体内基因的表达图谱。所有的酶促步骤已经过专门改进,使得用于cDNA准确扩增的RNA得到高效处理。而扩增步骤则采用创新的多重置换扩增(MDA)技术,序列偏差可以忽略不计。

性能:
蛋白编码RNA的数量多
扩增富集mRNA的RNA (poly A+)的能力,使REPLI-g WTA Single Cell Kit特别适用于通过NGS研究单细胞转录本水平上的转录调控影响。产生超过90%的NGS片段的核糖体RNA(rRNA)扩增几乎完全被消除,可产生有意义的mRNA-Seq数据。
可靠检测低丰度转录本
单细胞分析的挑战性大,尤其是同一细胞内的转录本丰度差异很大时。为获得准确的结果,应确保全转录组扩增时可靠扩增所有转录本。REPLI-g WTA Single Cell Kit高度适合于但细胞中转录本分析,即便是低丰度转录本。对使用REPLI-g技术扩增的转录本abl-1进行real-time PCR分析,结果显示即便是低丰度转录本也能在使用该试剂盒扩增后,得以可靠的检测。
多种研究领域的应用
REPLI-g WTA Single Cell Kit可以从单细胞(如肿瘤细胞、干细胞或分选细胞)有效地扩增获得cDNA,并从纯化的总RNA或poly A+ RNA(10 pg–100 ng)生成和扩增cDNA,适合于广泛的研究领域。
根据研究需要,QIAGEN针对从单细胞扩增cDNA或纯化RNA提供了不同的实验方案:从单细胞扩增mRNA(poly A+)3'端区域:
只扩增带有poly A +尾巴的mRNA(和其他的RNA),适合于广泛的应用,包括NGS(RNA-Seq)、real-time PCR和微阵列分析。
从单细胞扩增总RNA:
可扩增完整的转录本,包括带有和不带有poly A +尾的RNA,lnc RNA和linc RNA。需要注意的是,rRNA也将扩增并且扩增程度很高。如果用序列特异性探针(例如用qPCR或阵列协同工作),扩增的rRNA并不会影响下游应用的结果。如果将扩增的RNA用于RNA-Seq,请注意超过90%的片段来自于rRNA,因此进行全转录本测序时必须获得充足的读段。
纯化RNA的扩增
?针对从总RNA或富集RNA模板进行全转录本扩增的情况而优化,非常适合于大规模应用,包括NGS、real-time PCR和微阵列分析。

应用:

REPLI-g WTA Single Cell Kit可以从非常小量的样本均一地扩增全部的转录物,以非常有限或甚至可忽略地偏差扩增,准确呈递单细胞的转录模式。根据实验方法,扩增的cDNA非常适用于二代测序(RNA-Seq)、基因表达芯片或qPCR应用。
REPLI-g WTA Single Cell Kit可用于全转录本扩增的分析:
?◎带poly A+尾巴的mRNA

?◎总RNA

?◎RNA转录组的所有区域

?◎mRNA的3'末端

?◎Lnc和Linc RNA

其不适合用于与小量核酸等一起使用:tRNA和miRNA相关产品信息:

产品货号 产品名称
Y5-150063 REPLI-g WTA Single Cell Kit (24)
Y5-150065 REPLI-g WTA Single Cell Kit (96)